Sugestões de estudos direcionados a Genética.

Sugestões de estudos direcionados a Genética.

Ementas de disciplinas sugeridas na formação do pesquisador.

GENÉTICA.

Carga horária: 30 horas – 2 créditos

Objetivos: Estudar os conceitos e definições associados ao arcabouço teórico da genética, enfocando os principais avanços relacionados aos genes, cromossomos e hereditariedade.

Ementa: Introdução a genética; bases citológicas da herança; genética mendeliana; extensões da genética mendeliana, mapeamento cromossômico em eucariontes; determinação do sexo e cromossomos sexuais; mutações cromossômicas e herança extranuclear.

Bibliografia:

Alberts, B.; Johnson, A.; Lewis, J.; Raff, M.; Roberts, K.; Walter, P. (2004) Biologia Molecular da Célula. 4ª ed. Artmed, Porto Alegre, RS. 1584p.

Griffiths, A.J.F.; Wessler, S.R.; Lewontin, R.C.; Gelbart, W.M.; Suzuki, D.T.; Miller, J.H. (2008) Introdução à Genética. 9ª ed. Guanabara Koogan, Rio de Janeiro, RJ. 764p.

Klug, W.S.; Cummings, M.R.; Spencer, C.A.; Palladino, M.A. (2010) Conceitos de genética. 9ª edição.Artmed, Porto Alegre, RS. 863p.

Lewin, B. (2007). Genes IX. Oxford University Press, Inc., New York.

Snustad, P. & Simmons, M.J. (2008) Fundamentos de Genética. 4ª ed. Guanabara Koogan, Rio de Janeiro, RJ. 778p.

BIOLOGIA MOLECULAR

Carga horária: 60 horas – 4 créditos

Objetivos: A disciplina tem como objetivo principal apresentar e discutir os fundamentos teóricos da Biologia Molecular, proporcinando uma visão geral dos mecanismos moleculares envolvidos nos processos biológicos.

Ementa: Estudo dos mecanismos moleculares envolvidos nos processos de replicação do DNA, transcrição e processamento do RNA, síntese protéica, endereçamento de proteínas, regulação da expressão gênica e elementos de organização e funcionamento do genoma, tais como transposons, RNA de interferência e regulação epigenética, Vias de Transdução de Sinal.

Bibliografia:

Lewin, B. Genes IX. Porto Alegre, Editora Artes Médicas, 2009.

Watson, J. D. et al. Biologia Molecular do Gene, 5a ed. Artmed, 2006.

Artigos e revisões publicados em revistas especializadas.

SEMINÁRIOS EM GENÉTICA E BIOLOGIA MOLECULAR

Carga horária: 30 horas – 2 créditos

Objetivos: O objetivo da disciplina é desenvolver hábitos e habilidades de interpretar, criticar e escrever artigo científico, dissertação e tese. No primeiro semestre o estudante deverá realizar um seminário de uma revisão bibliográfica, de tema livre, que será definido sob a supervisão do orientador, extraído da respectiva linha de pesquisa. No segundo semestre o estudante deverá apresentar o pré-projeto de pesquisa que dará origem ao trabalho final da pós-graduação.

Ementa: Esta disciplina proporcionará um espaço de discussão e troca de experiências onde os estudantes de pós-graduação poderão apresentar seus trabalhos de pesquisa para a comunidade acadêmica.

Bibliografia: variável.

GENÉTICA EVOLUTIVA

Carga horária: 60 horas – 4 créditos

Objetivos: A disciplina tem como objetivo principal apresentar e discutir os fundamentos teóricos da Genética de Populações e suas aplicações para a Evolução e Biologia da Conservação, proporcionando uma visão global dos mecanismos envolvidos na dinâmica dos genes nas populações naturais.

Ementa: Introdução à Genética de Populações; Equilíbrio de Hardy-Weinberg; Desequilíbrio de ligação; Sistemas reprodutivos - Equilíbrio de Wright-Fisher; Mutação; Deriva genética; Teoria da Coalescência; Teoria geral da endogamia; Tamanho efetivo populacional; Medidas de parentesco; Fluxo gênico; Seleção.

Bibliografia:

Allendorf, F.W.; Luikart, G. (2006) Conservation and the genetics of populations. Blackwell Publishing, Oxford.

Gillespie, J.H. (2004) Population Genetics: A Concise Guide. 2ª ed. Johns Hopkins University Press, Baltimore, Maryland. 232p.

Hartl, D.L. (2008) Princípios de Genética de População. 3ª ed. Ribeirão Preto: FUNPEC Editora, 217 p.

Hartl, D.L.; Clark, A. G. (2010) Princípios de Genética de populações. 4ª ed. Porto Alegre: Artmed, 660 p.

Hedrick, P.W. (2004) Genetics of Populations. 3ª ed. Jones and Bartlett Publishers, Sudbury, MA. 737p.

Ridley, M. (2006) Evolução. 3ª ed. ArtMed Editora, Porto Alegre, RS. 752p.

Templeton, A. R. (2011) Genética de Populações e Teoria Microevolutiva, SBG, Ribeirão Preto, SP, 705p.

Weir, B. (1996) Genetic Data Analysis II - Methods for Discrete Population Genetic Data. Sinauer Associates Inc., Sunderland, MA, USA.

EVOLUÇÃO MOLECULAR

Carga horária: 45 horas – 3 créditos

Objetivos: Estudar a evolução das macromoléculas, incluindo as taxas e os padrões de mudanças evolutivas no DNA e em proteínas e os mecanismos responsáveis pelas mudanças. Reconstruir a história evolutiva de genes e organismos, por meio da filogenia molecular, a partir de dados moleculares.

Ementa: Introdução à Evolução molecular, Evolução do genoma, Modelos evolutivos; Estimativas de substituição nucleotídica; Teoria neutra de evolução molecular; Relógio molecular e estimativas de tempos de divergência; Teoria da coalescência; Filogenia molecular e reconstrução da história evolutiva; Elementos transponíveis e transferência horizontal de genes.

Bibliografia:

Nei, M. (1987) Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press, New York, NY, USA. 512p.

Nei, M; Kumar S. (2000) Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press Inc. New York.

Li, W.H. 1997. Molecular Evolution. Sinauer Associates, Sunderland, MA.

Kimura, M. 1968. Evolutionary rate at the molecular level. Nature, 217:624-26.

Crow, J.F. & Kimura, M. (1970) An Introduction to Population Genetics Theory. Harper & Row Publish. Inc., New York, NY, USA.

Hartl, D.L. & Clark, A.G. (2006) Principles of Population Genetics. 4ª ed. Sinauer Associates, Sunderland, MA. 545p.

Ridley, M. (2006) Evolução. 3ª ed. ArtMed Editora, Porto Alegre, RS. 752p.

Felsenstein J 2004 Inferrring phylogenies. Sinauer Associates Inc., Sunderland, Massachussetts, USA.

Hein J, Schierup MH & Wiuf C 2005. Gene genealogies, variation and evolution. A primer on coalescent theory. Oxford Univeristy Press, Oxford UK.

Hillis DM, Moritz C & Mable BK 1996. Molecular systematic. 2a ed. Sinauer Associates Inc., Sunderland, Massachussetts, USA.

BIOLOGIA DA RELAÇÃO PATÓGENO-HOSPEDEIRO

Carga horária: 60 horas – 4 créditos

Objetivos: Disciplina teórica com objetivo de estudar aspectos celulares e moleculares envolvidos na interação patógeno-hospedeiro, com foco nos estudos de fatores de virulência que contribuem para estabelecimento de infecções.

Ementa: Estudo de técnicas de análises funcionais para determinação de fatores de virulência; técnicas de avaliação de adesão molecular no processo de interação patógeno-hospedeiro; análises de captação de micro e macronutrientes por patógenos; alterações metabólicas adaptativas de patógenos durante processo de infecção.

Bibliografia:

Artigos científicos atuais publicados em periódicos nacionais e internacionais.

METABOLISMO CELULAR

Carga horária: 60 horas – 4 créditos

Objetivos: A disciplina tem por objetivo capacitar os participantes na compreensão dos processos metabólicos celulares e seus mecanismos de regulação, dos mecanismos de integração metabólica, dos conhecimentos básicos sobre a linguagem metabólica e do fluxo de energia metabólica entre os seres vivos.

Ementa: Serão abordados aos estudantes conceitos básicos de Metabolismo Celular. A disciplina descreve as reações químicas que regulam o funcionamento das células, que são à base da vida. Nesse contexto, serão apresentadas ao estudante as principais vias anabólicas e catabólicas, responsáveis pelo funcionamento celular. Também serão abordados os princípios de regulação metabólica dos seres vivos bem como a integração metabólica.

Bibliografia:

ALBERTS, B. Biologia Molecular da Célula - 5ª Ed. ArtMed. 2008.

STRYER, L., Bioquímica. 6 ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan.2006.

LEHNINGER, A. L., Princípios de Bioquímica. 4 ed. São Paulo: SARVIER. 2006.

NELSON, D. AND COX, M. Princípios de Bioquímica de Lehninger. 5 ed. São Paulo: Artmed. 2011.

ESTUDO FUNCIONAL DE GENOMAS

Carga horária: 40 horas – 3 créditos

Objetivos: A disciplina tem por objetivo apresentar um curso teórico-prático envolvendo técnicas e abordagens utilizadas para atribuir funções putativas aos genes seqüenciados, permitindo abordagem de estudos em larga-escala da função dos genes. Estas análises fornecem uma imensa quantidade de informações sobre um determinada célula, tecido, organismo em diferentes condições fisiológicas.

Ementa: Técnicas de análise em larga-escala para inferência de funções às proteínas: microarranjos de DNA, SAGE, análise do proteoma, análise de interações entre proteínas, mutação de todo o genoma, identificação do perfil metabólico por cromatografia/espectrometria de massa, além de abordagens computacionais.

Bibliografia:

Artigos científicos atuais publicados em periódicos internacionais da área.

GENÔMICA ESTRUTURAL

Carga horária: 60 horas – 4 créditos

Objetivos: A disciplina tem por objetivo apresentar de forma crítica os conceitos e análises fundamentais das ciências genômicas: análises de sequências de DNA, de variabilidade nucleotídica e de expressão gênica. Capacitar os alunos a utilizarem, em suas pesquisas, diversas ferramentas genômicas disponíveis na internet.

Ementa: Serão abordados os seguintes tópicos: Estrutura e organização de genomas (procariotos e eucariotos); Novas e antigas metodologias de sequenciamento genômico; Estratégias e ferramentas para a montagem (“assembly”) de genomas; Estratégias e ferramentas para a anotação gênica dos genomas; Análise da diversidade nucleotídica em nível genômico; Ferramentas e análises de expressão gênica em nível genômico; Estratégias de genômica integrativa.

Bibliografia:

Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2004). Biologia Molecular da Célula. 4a ed. Editora Artmed, Porto Alegre, RS. 1463 p.

Alonso, J. M. & Ecker, J. R. (2006) Moving forward in reverse: genetic technologies to enable genome-wide phenomic screens in Arabidopsis. Nat Rev Genet, 7, 7, 524-36.

Bentley, D. R., Balasubramanian, S., Swerdlow, H. P. et. al. (2008) Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry, Nature, 456, 7218, 53-9.

Gibson G., Muse S.V. (2010) A primer of genome science. 3a ed. Sinauer Associates Inc., Sunderland, MA. 370 p.

Lewin B. (2009) Genes IX. Editora Artmed, Porto Alegre, RS. 912 p.

Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. et al. (2005) Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors Nature, 437, 7057, 376-80.

Metzker, M. L. (2010) Sequencing technologies - the next generation. Nat Rev Genet, 11, 1, 31-46.

Nelson D.L., Lehninger A.L., Cox M.M. (2008) Lehninger: princípios de bioquímica. 5a Ed. 1158 p.

NANOTECNOLOGIA APLICADA À GENÉTICA E BIOLOGIA MOLECULAR

Carga horária: 30 horas – 2 créditos

Objetivos: A disciplina tem como objetivo apresentar conceitos e temas atuais em nanotecnologia relacionados com a sua aplicação como ferramenta em genética e biologia molecular, colaborando para despertar a criatividade científica pela integração de diferentes áreas do conhecimento.

Ementa: Conceitos e fundamentos da nanotecnologia, nanobiotecnologia e nanomedicina. Tipos de nanopartículas. Aplicação dos produtos em nanoescala em biologia molecular: transfecção, silenciamento gênico, delivery de células tronco e siRNA.

Bibliografia:

Alberts B, Johnson A, Lewis J, Raff M, Roberts K e Walter P. Biologia molecular da célula. 4ª ed. Artmed, 2004.

Torchilin, VP – Nanoparticulates as drug carriers, Imperial Colege Press, 2006.

Mansoor, MA et al. – Nanotechnology for cancer therapy. CRC, 2007.

Poole, JR et al. - Introduction to nanotechnology. Hoboken, NJ: Wiley-Interscience, 2003.

Duran, N et al. - Nanotecnologia: introdução, preparo e caracterização de nanomateriais e exemplos de aplicação. Artliber, 2006.

Artigos científicos em periódicos indexados.

PROTEÔMICA I

Carga horária: 60 horas – 4 créditos

Objetivos: A disciplina tem por objetivo a formação teórico-prática, em espectrometria de massas, de alunos de pós-graduação. A disciplina objetiva apresentar aos alunos conceitos básicos e metodologias atuais em química de proteínas de modo que esses possam utilizá-las em seus projetos de pesquisa.

Ementa: A disciplina habilitará o aluno tanto na experimentação quanto no acesso à literatura específica em proteômica. Serão abordados os seguintes tópicos: origem e tipos de análises proteômicas; mecanismos utilizados para o preparo de amostras e ionização de moléculas; processamento de dados de espectrometria de massas; interpretação dos espectros de massas; sequenciamento de peptídeos; e aplicações da metodologia em pesquisa, biotecnologia e indústria.

Bibliografia:

Baxevanis AD & Quellette BFF. Bioinformatics. A pratical guide to the analysis of genes and proteins. John Wiley Inc., USA, 2a ed., (2001).

Frank, RThe SPOT-synthesis technique synthetic peptide arrays on membrane supports-principles and applications. Journal of Immunological Methods. 267:13-26 (2002).

GE Healthcare: 2-D Eletrophoresis. Principles and Methods. Handbook 80.6429-60AC.

Magalhães, A.D., Charneau, S., Paba, J., Guércio, R.A.P, Teixeira, A.R.L., Santana, J.M., Sousa, M.V., Ricart, C.A.O. Trypanosoma cruzi alkaline 2-DE: Optimization and application to comparative proteome analysis of flagellate life stages. Proteome Science. 1-12 (2008).

O'Farrell, P.H. High resolution two-dimensional electrophoresis of proteins. J. Biol. Chem. 250, 4007–4021 (1975).

Rashide HH & Buchler LK . Bioinformatics. Basic applications in Biological Sciences and Medicine. CRC Press, ed., Boca Raton USA, 1a ed., (2000).

Reyzer, M.L. & Caprioli, R.MMaldi Mass Spectometry for direct tissue analysis: A new tool for biomarker discovery. Journal of Proteome Research. 4:1138-1142 (2005).

Reyzer, M.L. & Caprioli, R.M. MALDI-MS-based imaging of small molecules and proteins in tissues. Current Opinion in Chemical Biology. 11:29-35(2007).

Rupp, S. Proteomics on its way to study host-pathogen interaction in Candida albicans. Curr Opin Microbiol.;7:330-335 (2004).

PROTEÔMICA II

Carga horária: 90 horas – 6 créditos

Pré-Requisito: Proteômica I

Objetivos: A disciplina tem por objetivo a formação avançada, em análises de biomoléculas em larga escala, de alunos de pós-graduação. A disciplina objetiva apresentar aos alunos novos conceitos e metodologias de identificação e caracterização de biomoléculas e espectrometria de massas de modo que esses possam utilizá-las em seus projetos de pesquisa.

Ementa: O curso capacitará o aluno na utilização de novas tecnologias de análises globais qualitativas e quantitativas, bem como no acesso à literatura específica de técnicas analíticas de biomoléculas. Serão abordados os seguintes tópicos: preparo de amostras e ionização de moléculas; utilização do LC-MS em análises globais, mecanismos utilizados para quantificação espectral de biomoléculas, utilização de espectrometria de massas nos estudos de estrutura de biomoléculas e aplicações das metodologias.

Bibliografia:

Gary Siuzdak. The expanding role of mass spectrometry in biotechnology. Second Edition. 2006. MCC Press.

R. Kiser. Introduction to Mass Spectrometry and Its Applications. 1965. ASMS Press.

Helsens K, Martens L, Vandekerckhove J, Gevaert K. Mass spectrometry-driven proteomics: an introduction. Methods Mol Biol. 2011;753:1-27.

Wuhrer M, Deelder AM, van der Burgt YE. Mass spectrometric glycan rearrangements. Mass Spectrom Rev. 2011; 30:664-680.

Cox J, Mann M. Quantitative, High-Resolution Proteomics for Data-Driven Systems Biology. Annu Rev Biochem. 2011; 80:273-299.

Schulze WX, Usadel B. Quantitation in mass-spectrometry-based proteomics. Annu Rev Plant Biol. 2010; 61:491-516.

Kline KG, Sussman MR. Protein quantitation using isotope-assisted mass spectrometry. Annu Rev Biophys. 2010;39:291-308. Review.

Valdes-Gonzalez T, Goto-Inoue N, Hirano W, Ishiyama H, Hayasaka T, Setou M, Taki T. New approach for glyco- and lipidomics--molecular scanning of human brain gangliosides by TLC-Blot and MALDI-QIT-TOF MS. J Neurochem. 2011;116:678-83.

Li M, Zhou Z, Nie H, Bai Y, Liu H. Recent advances of chromatography and mass spectrometry in lipidomics. Anal Bioanal Chem. 2011;399:243-9.

BIOINFORMÁTICA

Carga horária: 45 horas – 3 créditos

Objetivos: Apresentar aos alunos de forma crítica e atualizada os conceitos de bioinformática e as aplicações de suas ferramentas nas análises genômicas.

Ementa: A disciplina abordará os seguintes tópicos: estratégias de sequencimento de genomas; Controle de qualidade dos dados de sequencimento de ácidos nucléicos; Ferramentas de bioinformática para montagem (“assembly”) dos genomas; Análises de dados de sequenciamento de nova geração; Ferramentas para predição de genes e de sua estrutura; Ferramentas para identificação de microssatélites e de polimorfismos (SNPs) nos genomas; Ferramentas para desenho de oligonucleotídeos (“primers”); Utilização de bancos de dados de sequências de DNA e proteínas; Anotação e análise de similaridade de genes com o BLAST; Análise de dados de expressão gênica com microarranjos.

Bibliografia:

Baxevanis, A.D.; Ouellette, B.F.F. (2001) Bioinformatics – A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins. 2ª ed. John Wiley & Sons Inc., New York, USA. 470p.

Gibas, C. & Jambeck, P. (2001) Desenvolvendo a Bioinformática. Campus, Rio de Janeiro, RJ. 440p.

Golding, B. & Morton, D. (2000) Elementary Sequence Analysis. Apostila. 164p.

Griffith, A.J.F.; Wessler, S.R.; Lewontin, R.C.; Gelbart, W.M.;Suzuki, D.T.; Miller, J.H. (2006) Introdução à Genética. 8ªed. Guanabara Koogan, Rio de Janeiro, RJ. 764p.

Lesk, A.M. (2002) Introduction to Bioinformatics. Oxford University Press, New York, USA. 255p.

Prosdocimi, F.; (2002) Bioinformática: Manual do Usuário. Biotecnologia, Ciência e Desenvolvimento 5(29):12-25.

Speed, T. (2003) Statistical Analysis of Gene Expression Microarray Data. Chapman & Hall, Boca Raton, USA. 218p.

Tuimala, J. & Laine, M.M. (2003) DNA Microrray Data Analysis. CSC - Scientific Computing Ltd., Helsinki, Finlândia. 161p.

GENÉTICA GEOGRÁFICA

Carga horária: 60 horas – 4 créditos

Objetivos: a disciplina tem por objetivo apresentar aos alunos as diversas aplicações de estatística espacial em dados genético-moleculares, principalmente no contexto de genética em escala de paisagem e genética da conservação, e utilizar os diferentes pacotes estatísticos disponíveis para análise espacial, especialmente o software SAM (Spatial Analysis in Macroecology, ver www.ecoevol.ufg.br/sam) desenvolvido em nosso laboratório para analisar esses dados.

Ementa: Padrões espaciais de variabilidade genética e processos microevolutivos; Modelos de evolução; Simulação de evolução de frequências alélicas no espaço; Estrutura populacional e conectividade espacial; Índices de autocorrelação espacial; Correlogramas espaciais; Teste de Mantel; Métodos de regressão espacial; Descontinuidade e barreiras ao fluxo gênico.

Bibliografia:

Epperson, K. (2003). Geographical Genetics. Princeton University Press, Princeton.

Hainning, R. (1990). Spatial Data analysis in the social and environmental sciences. Cambridge, cambridge University press.

Legendre, P. & Legendre, L. (1998). Numerical Ecology. 2nd ed. Elsevier, Amsterdan.

Schabenberg, O. and Gotway, C. A. (2005). Statistical methods for spatial data analysis. Chapman and Hall, London.

Templeton, A.R. (2006) Population Genetics and Microevolutionary Theory. John Wiley & Sons, Hoboken, NJ, USA. 705p.

ESTATÍSTICA

Carga horária: 30 horas – 2 créditos

Objetivos: A disciplina tem como objetivo fundamental capacitar os estudantes em planejamento amostral, desenho experimental, análise exploratória de dados e inferência estatística.

Ementa: Introdução e história da bioestatística; Amostragem; Estatísticas descritivas; Introdução à Amostragem; Teste de hipóteses; Teste z; Teste t; Teste qui-quadrado; Intervalo de Confiança; Teste de hipóteses por permutação; Introdução a cálculos estatísticos no Excel; Princípios de Experimentação e Delineamentos Experimentais; Análise de Variância; Análise de Correlação; Análise de Regressão; Análise de Covariância.

Bibliografia:

Gotelli, Nicholas J. & Ellison, Aaron M. 2010. Princípios de Estatística em Ecologia. Artmed.

Cook, R. D. & Weisberg, S. 1982. Residuals and Influence in Regression. Chapman and Hall.

Weisberg, S. 1985. Applied Linear Regression. Wiley.

Chambers, J. M., Cleveland, W. S., Kleiner, B. & Tukey, P. A. 1983. Graphical Method for Data Analysis. Chapman & Hall.

Sokal, R. R. & Rohlf, F. J. 1995. Biometry. Freeman.

Zar, J. H. 1999. Biostatistical Analysis. Prentice Hall.

FERRAMENTAS MOLECULARES

Carga horária: 60 horas – 4 créditos

Objetivos: O curso abordará os conceitos necessários para a compreensão das principais ferramentas moleculares utilizadas atualmente, proporcionando ao aluno conhecimento para selecionar e empregar as técnicas adequadas que melhor responderão as perguntas originadas de seus estudos. O conhecimento dos fundamentos teóricos e da aplicabilidade das diversas técnicas moleculares existentes é essencial para a escolha da ferramenta mais adequada para cada situação. Serão abordadas estratégias de utilização e padronização de diversas técnicas moleculares em diferentes situações, bem como a introdução de estratégias de análise de dados obtidos por essas técnicas.

Ementa: Contextualização da Genética e da Biologia Molecular. Conceitos fundamentais; Estrutura dos ácidos nucléicos e cromossomos; Reação em Cadeia da Polimerase; A dinâmica da reação, reagentes e seus variantes; Desenho de iniciadores e estratégias de padronização de reações. PCR-Multiplex; PCR-SSCP; PCR-SSP; PCR in Situ; RT-PCR; PCR em tempo real; Eletroforese de Ácidos Nucléicos; Conceitos físicos necessários; Dinâmica da eletroforese e matrizes mais utilizadas; Marcadores moleculares STRs, RFLP, RAPD, AFLP, VNTR, SNPs; SNP-Arrays; Sequenciamento de DNA (Sanger e segunda geração); Micro-arranjos para estudo de expressão gênica; Citogenética molecular (FISH, SKY, CGH, array-CGH, MLPA).

Bibliografia:

Tom Strachan e Andrew Read: Human Molecular Genetics, 4th Ed., Garland Science, 2011

Benjamin Lewin: Genes IX, Artmed

Jeremy Squire: FISH (Fluorescent In Situ Hybridization), Oxford University Press, 2002.

Artigos científicos de revistas internacionais indexadas.

DINÂMICA DA PRODUÇÃO E AVALIAÇÃO CIENTÍFICA

Carga horária: 45 horas – 3 créditos

Objetivo: o principal objetivo dessa disciplina é discutir os principais aspectos da comunicação científica, colocando-o em um contexto atual, eficiente e dinâmico. Espera-se que isso auxilie os alunos a aumentar sua produção científica e sua eficiência de produção, tanto em termos quantitativos quanto qualitativos.

Ementa: Introdução geral à filosofia científica e sociologia científica; Produção científica; Métricas de avaliação (citação, estatística h, índice de impacto); Redação e comunicação científica; Dinâmica da produção científica (submissão, avaliação, componentes editoriais; revisão por pares).

Bibliografia:

Ford, E. D. 2000. Scientific Method for Ecological Research. Cambridge University Press, Cambridge.

Godfrey-Smith, P.  2003. Theory and Reality. Chicago University press, Chicago.

Hilborne, R. & Mangel, M. 1997. The Ecological Detective. Princeton University Press, Princeton.

Pickett, S. T. A., Kolasa, J. & Jones, C. G. 1994. Ecological Understanding. Academic Press, New York.

Valiela, I. 2001. Doing Science. Oxford University Press, Oxford.

TÓPICOS ESPECIAIS EM BIOLOGIA MOLECULAR

Carga Horária: 30 horas – 2 créditos

Objetivo: Tópicos Especiais em Biologia Molecular tem por objetivo abordar tópicos atuais na área de Biologia Molecular.

Ementa: Essa disciplina contempla a discussão de temas relacionados à pesquisa em Biologia Molecular entre alunos e docentes das diferentes linhas de pesquisa do programa. Serão convidados professores de outras instituições para ministrarem aulas no curso. Dessa forma, deseja-se que o aprendizado possa contribuir no desenvolvimento do trabalho de dissertação ou tese dos alunos.

Bibliografia:

Livros e artigos científicos recomendados pelos docentes da disciplina.

TÓPICOS ESPECIAIS EM GENÉTICA

Carga Horária: 30 horas – 2 créditos

Objetivo: Tópicos Especiais Genética tem por objetivo abordar tópicos atuais na área de Genética.

Ementa: Essa disciplina contempla a discussão de temas relacionados à pesquisa em Genética entre alunos e docentes das diferentes linhas de pesquisa do programa. Serão convidados professores de outras instituições para ministrarem aulas no curso. Dessa forma, deseja-se que o aprendizado possa contribuir no desenvolvimento do trabalho de dissertação ou tese dos alunos.

Bibliografia:

Livros e artigos científicos recomendados pelos docentes da disciplina.

FARMACOGENÉTICA E FARMACOGENÔMICA

Carga Horária: 30 horas – 2 créditos

Objetivo: Compreender a evolução histórica e origem da farmacogenômica; Entender os principais mecanismos para a variabilidade de repostas a drogas; Discutir as principais técnicas e ferramentas utlizadas na análise funcional, epidemiológica e molecular em farmacogenômica; Estimular a integração multiprofissional para o planejamento e delineamento de um estudo farmacogenômico e clínico.

Ementa: Serão abordados os fundamentos de farmacologia; farmacogenética da biotransformação de medicamentos; farmacogenética de populações; farmacogenética dos transportadores de medicamentos; farmacogenética de receptores/alvos farmacológicos; aspectos éticos em farmacogenômica; aplicações clínicas, desenvolvimento de novos fármacos e perspectivas científicas. Tipos de polimorfismos e sua importância para a farmacogenômica; haplótipos e bioensaios; desenhos experimentais e análise estatística para estudos farmacogenéticos.

Bibliografia:

Evans WE, Johnson JA. Pharmacogenomics: the inherited basis for interindividual differences in drug response. Annu Rev Genomics Hum Genet. 2001;2:9-39.

Nebert DW. Extreme discordant phenotype methodology: an intuitive approach to clinical pharmacogenetics. Eur J Pharmacol. 2000;410:107-120.

Bertilsson L, Dahl ML, Dalen P, et al. Molecular genetics of CYP2D6: clinical relevance with focus on psychotropic drugs. Br J Clin Pharmacol. 2002;53:111-122.

Subramanian G, Adams MD, Venter JC, et al. Implications of the human genome for understanding human biology and medicine. Jama. 2001;286:2296-2307.

Meyer UA. Pharmacogenetics and adverse drug reactions. Lancet. 2000;356:1667-1671.

Ingelman-Sundberg M, Oscarson M, McLellan RA. Polymorphic human cytochrome P450 enzymes: an opportunity for individualized drug treatment. Trends Pharmacol Sci. 1999;20:342-349.

McLeod HL, Evans WE. Pharmacogenomics: unlocking the human genome for better drug therapy. Annu Rev Pharmacol Toxicol. 2001;41:101-121.

Pirmohamed M, Park BK. Genetic susceptibility to adverse drug reactions. Trends Pharmacol Sci. 2001;22:298-305.

Brookes AJ. The essence of SNPs. Gene. 1999;234:177-186.

Mukherjee D, Topol EJ. Pharmacogenomics in cardiovascular diseases. Prog Cardiovasc Dis. 2002;44:479-498.

Evans WE, Relling MV. Pharmacogenomics: translating functional genomics into rational therapeutics. Science. 1999;286:487-491.

Lindpaintner K. The impact of pharmacogenetics and pharmacogenomics on drug discovery. Nat Rev Drug Discov. 2002;1:463-469.

Dahl ML. Cytochrome p450 phenotyping/genotyping in patients receiving antipsychotics: useful aid to prescribing? Clin Pharmacokinet. 2002;41:453-470.

McCarthy JJ, Hilfiker R. The use of single-nucleotide polymorphism maps in pharmacogenomics. Nat Biotechnol. 2000;18:505-508.

TÉCNICAS UTILIZADAS NO ESTUDO E PURIFICAÇÃO DE PROTEÍNAS

Carga Horária: 60 horas -2 créditos

Objetivo: Propiciar ao aluno um aprendizado sobre métodos clássicos e atuais no estudo e purificação de proteínas.

Ementa: Características físico-químicas das proteínas.

 Estratégias para caracterização e purificação de proteínas. Técnicas cromatográficas em resinas convencionais e em sistemas de alta performance – HPLC (exclusão molecular, de fase reversa, por troca iônica, por afinidade, com íons metálicos imobilizados, interação hidrofóbica). Eletroforese de proteínas simples, bidimensional e capilar. Ultracentrifugação. Diálise e métodos de remoção de partículas para purificação e concentração de proteínas.  Imunoquímica de proteínas. Critérios de pureza. Métodos para quantificação de proteínas. Métodos para estudos da interação proteína-proteína. Visualização celular de proteínas.

Bibliografia:

Scopes, R.K. “Protein Purification, Principles and Practice” 3rd ed. Springer. (1993).

Rosenberg, I.M. “Protein Analysis and Purification” 2nd ed. Springer. (2005).

Cutler, P. “Protein Purification Protocols” in Methods in Molecular Biology vol. 244. 2nd ed. Humana Press (2005).

Walker, J.M. “The Protein Protocols Handbook” 3rd ed. Humana Press. (2009).

Artigos de revistas científicas como “Journal of Biological Chemistry, Electrophoresis, Analytical Chemistry, Methods in Molecular Biology, Methods in Enzymology e outras”.

MICROSSATÉLITES: EVOLUÇÃO E APLICAÇÕES

Carga Horária: 45 horas

Ementa:

Distribuição e abundância de regiões microssatélites no genoma dos organismos. Evolução e mecanismos de mutação de regiões de DNA repetitivo. Metodologias para o isolamento de regiões microssatélites do genoma. Desenvolvimento e utilização de regiões microssatélites como marcador molecular. Ferramentas básicas de bioinformática para a busca e desenho de primers para regiões microssatélites. Genotipagem de marcadores microssatélites. Transferibilidade de marcadores microssatélites. Aplicação dos marcadores microssatélites em diferentes áreas da ciência.

Bibliografia:

Avise JC. 2004. Molecular markers, natural history, and evolution. 2ªed. Sunderland: Sinauer.

Borém A. 2007. Biotecnologia Florestal. Viçosa: Editora UFV.

Borém A & Caixeta ET. 2006. Marcadores Moleculares. São Paulo:Editora Independente.

Brondani RPV, Brondani C & Grattapaglia D. 2007. Manual Prático para o Desenvolvimento de Marcadores Microssatélites em Plantas. Brasília: Embrapa SCT.

Ferreira ME & Grattapaglia D. 1998. Introdução ao Uso de Marcadores Moleculares em Análise Genética. Brasília: EMBRAPA – CENARGEN.

Goldstein BG & Schlotterer C. 1999. Microsatellites: Evolution and Applications. New York:Oxford University Press.

Griffiths AJF, Wessler SR, Lewontin RC, Gelbart WM, Suzuki DT, Miller JH. 2008 Introdução à Genética. 9ª ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan.

Hillis DM, Moritz C, Mable BK. 1996. Molecular Systematic. Massachusetts: Sinauer Associates.

Weising K, Nybom H, Wolff K, Kahl G. DNA fingerprinting in plants: Principles, methods, and applications, 2ªed. CRC Press, Boca Raton.